使用反渗透设备时，难免会出现结垢的现象，很难清理，还影响制水效果。到底是什么原因引起的水垢呢？

原水在经过反渗透膜时，难溶性的盐类会停留在膜表面，成固体沉淀析出。保障难溶性盐类不超过饱和界限可有效防止结垢。结垢不仅会在膜表面发生，有时甚至在系统的管路内部也会发生。

在反渗透系统中析出的垢主要是无机成分，以碳酸钙为主。当水呈碱性时，会形成包括氢氧化镁在内的各种难溶解氢氧化物。在天然的水源中存有的主要难溶性盐类主要有：碳酸钙(CaCO3)、硫酸钡BaSO4)、硫酸钙(CaSO4)、氟化钙(CaF2)、硫酸锶(SrSO4)和二氧化硅(SiO2)。

在反渗透系统设计的时候特别有必要注意的是钡和锶。钡一般只存在于天然的水中，在井水中的钡浓度在0.05 -0.2 mg/L 之间，钡的检出级别是1 μg/L。原水中钡的临界浓度在海水中是15 μg/L 以下，苦咸水中是5 μg/L 以下。当在原水中投加硫酸时，需注意在控制给水中钡的浓度在2 μg/L 以下。锶的分析必须检测到1 mg/L 数量级。硫酸根浓度的增加以及水温的降低，会导致硫酸锶的溶解度下降。通常井水中的锶含量在15 mg/L 以下。

此外，一些天然水体中含量不高的无机物由于人为原因（如：加药等）会被带入给水中，例如：磷酸根、铁和铝，这些无机盐往往溶度积很低，极易发生结垢，因此当系统投加药剂（包括：絮凝剂、助凝剂、阻垢剂、酸和碱）等时，必须注意这些人为引入的离子成分的影响。有时甚至会出现投加的不同药剂发生相互作用导致难溶物质析出，进而污染膜元件的情况。因此在投加多种药剂时，应该注意这些药剂的成分，有条件的好通过试验确认它们的兼容性。